目前微生物肥料主要有根瘤菌肥料、固氮菌類肥料、解磷微生物肥料、硅酸鹽細菌類肥料等四大類肥料。
根瘤菌肥料是推廣早，效果顯著的一種高效菌肥，它與豆科植物共生，通過浸染豆科作物的根系進行結瘤固氮。根瘤菌對生產條件要求較苛刻，稍疏忽污染雜菌，產品就難合格；它還有嚴格的互接種族，一種根瘤菌劑只能用于相應的豆科植物，用錯無效，另外，結瘤競爭、菌株選育及應用條件等問題解決得也不夠理想，所以此類肥料在我國的發(fā)展并不快。
固氮菌類肥料是指能自由生活的固氮微生物或與禾本科植物聯合共生固氮的微生物為菌種生產的固氮類肥料，與根瘤菌固氮有本質的區(qū)別，其固定的氮素是供自身需求，當滿足自身需求時，體內氨的濃度能抑制固氮酶系統(tǒng)，使固氮停止。由于此類微生物當中的許多菌株在生長繁殖中產生多種植物激素類物質，且其在根際生長繁殖沒有嚴格的特異性，尤其易于在甘蔗、玉米、高粱等作物根部生長繁殖，應用范圍廣泛，因此這類肥料在生產上應用較廣。
解磷微生物肥料，這類微生物在生長、繁殖和代謝過程中產生如乳酸、檸檬酸等有機酸和植酸酶類物質，是固定在土壤中的難溶性磷如磷酸鐵、磷酸鋁以及有機酸磷酸鹽礦化成作物能吸收利用的可溶磷，供作物吸收利用。磷細菌在我國有較好應用前景，但由于解磷機理不十分明確，施入土壤后的活動和消長動態(tài)、解磷作用發(fā)揮的條件不十分了解，加上菌劑質量不能，因而應用受到很大限制。
硅酸鹽細菌類肥料其硅酸鹽細菌是一種能在以硅鋁酸鉀或長石粉為鉀源的培養(yǎng)基生長的細菌，這種細菌有分解釋放礦物鉀的能力。但現在還不能充分肯定硅酸鹽細菌具有分解含鉀礦物而釋放水溶性鉀的能力，因此，硅酸鹽細菌肥料的作用還需要進一步研究。此外還有菌根類肥料、固氮藍藻類肥料、抗生菌類肥料、根際促生型細菌肥料、光合細菌肥料等，為了提高接種效果，常采用復混劑型。